Berdasarkan laporan-laporan masyarakat, maka pemerintah segera menahan dan menyeretnya ke pengadilan.
Oleh pengafilan ia dijatuhi hukuman mati yang pelaksanaannya akan dilakukan pada tanggal 28 Maret 913 (29 Dzulqa'dah 309 H), dan selama menunggu waktu eksekusi tersebut, ia ditempatkan di penjara.
Baca Juga: KH Ahmad Bahauddin Nur Salim Buka Rahasia Cara Mudah untuk Menjadi Wali
Selama di dalam penjara, al-Hallaj banyak menuliskan karya hingga mencapai 48 buku. Diantaranya ialah:
1. Kitab Al-Shaihur Nawshid Duhur.
2. Kitab Al-Abad wa Al-Mabud.
3. Kitab Kaifa Kana Wa Kaifa Yakun.
4. Kitab Huwa Huwa.
5. Kitab Sirru Al-Alam wa Al-Tauhid.
6. Kitab Al-Thawasin Al-Azal.