KH Amin sepuh dinilai sebagai sesepuh cirebon merupakan pejuang yang menentang penjajah. Pondok dibakar dan dikepung. para santri pergi dan para Pengasuh beserta keluarga mengungsi.
Dua tahun kemudian, tahun 1954, Kiyai sanusi yang masih salah satu murid KH Amin Sepuh adalah orang yang pertama kali datang dari pengungsiannya.
Sisa-sisa kitab suci berantakan, termasuk karya-karya KH Amin Sepuh habis dibakar. Bangunan hancur dan nampak angker. Semua itu secara bertahap dibereskan lagi.
Tahun 1955 KH Amin Sepuh kembali ke Babakan, kemudian para santri banyak berdatangan dari berbagai pelosok.
Baca Juga: Anies Laporkan Progres Revitalisasi TIM: Bakal Lengkapi Predikat Kota Sastra Dunia?
KH Amin sepuh yang menjadi pengasuh Pondok Gede kembali memberikan pelajaran-pelajaran agama kepada para santrinya yang makin lama makin meluap.
Pondok Raudhatul Tholibin tidak dapat menampung para santri, hingga santrinya dititipkan di rumah-rumah ustadz seperti KH Hanan, di rumah KH Sanusi, dan beberapa kiai lainnya.
Hingga kelak anak cucunya membentuk dan mengembangkan pesantren-pesantren seperti sekarang ini. Sehingga pondok yang awalnya hanya satu (Ponpes Raudlotut Tholibin) sekarang banyak. *