Baca Juga: 15 Kasus Positif Covid-19 Tercatat Sepanjang Gelaran Tes Pramusim MotoGP 2022 di Sirkuit Mandalika
Langkah kaderisasi di Pesantren Babakan mengakibatkan kegiatan pesantren terputus sampai sarana fisik tidak berbekas.
Sampai kemudian KH Nawawi menantu dari Kiai Jatira mambangun kembali Pondok Pesantren Babakan, yang letaknya satu kilometer ke arah selatan dari tempat semula.
Dalam mengasuh pesantren beliau dibantu oleh KH Adzro’i. Setelah itu pesantren dipegang oleh KH Ismail putra KH Adzro’i tahun 1225 H/1800 M.
Mulai tahun 1916 M pesantren diasuh oleh KH Amien Sepuh bin KH Arsyad, yang masih merupakan ahlul bait dari garis keturunan Sunan Gunung Djati.
Garis nasab itu terdapat dalam buku silsilah KH Amin Sepuh, yang disusun oleh KH Mudzakkir pada tahun 2007.
KH Amien Sepuh tahun 1893 pernah nyantri di KH Cholil Bangkalan, bersama dengan KH Hasyim Asy’ari kakek Gus Dur dan terdapat dalam buku Kisah-Kisah Hikmah: KH Abdurrahman Arroisy.
Pada masa pengasuhan KH Amin Sepuh, Pondok Gede Babakan mencapai masa keemasan dan banyak andil dalam mencetak tokoh-tokoh agama yang andal.
Hampir semua kiai sepuh di wilayah Cirebon bahkan menyebar ke pelosok Indonesia adalah muridnya.