PKI mulai menyerang pesantren pada pukul 3 sore, mereka menggunakan letusan letusan senjata, untuk memancing dan menunggu reaksi orang-orang di dalam pondok.
Namun tidak ada reaksi dalam pesantren, PKI menyimpulkan bahwa pesantren Gontor sudah dijadikan markas tentara guna memancing PKI masuk.
Baca Juga: Suasana Pesantren Gontor saat PKI Menguasai Karesidenan Madiun September 1948
Karena beranggapan begitu, PKI mengerahkan sekitar 400 orang pada pukul 5 sore untuk menyerbu pesantren dengan kepungan dari berbagai arah.
Dalam situasi tersebut, pimpinan PKI yang menyerbu kala itu menghampiri depan rumah Kiai Soekarto dengan menunggangi kuda tanpa turun dari pelananya.
Ia bertanya kepada lurah Soekarto "Pertama, kami datang untuk menemui pimpinan pesantren. Kedua, kami memberitahukan akan memeriksa seluruh isi pesantren!" ucapnya kasar.
Baca Juga: Timnas Indonesia U16 Cukur Habis Guam dengan Skor 14-0 pada Kualifikasi Piala Asia U17 2023
Lurah Soekarto menjelaskan bahwa pimpinan pesantren sedang tidak berada di tempat karena sedang mengantar sebagian santrinya untuk pulang ke rumah masing-masing.
Lurah Rahmat Soekarto kemudian masuk ke rumah lagi, PKI kemudian meninggalkan rumah lurah dan nekat masuk ke tempat tinggal santri, sambil berteriak-teriak mencari Kiai Gontor.
Endi Kyai-ne?? Kon ngadepi PKI kene..Asu Kabeh! (Mana Kiainya? Suruh menghadapi PKI sini, Anjing semua!)" Ucap gembong PKI tersebut.