Kiai Asnawi dituduh sebagai tokoh penggerak kerusuhan itu dia dijatuhi hukuman tiga tahun penjara.
Mula-mula Kiai Asnawi dan kawan-kawan dipenjarakan di Kudus kemudian dipindahkan ke Semarang.
Baca Juga: Dunia Dalam Ancaman Krisis Pangan, Moeldoko Pastikan Stok Bahan Pangan Domestik Aman
Yang menariknya saat dalam penjara, karena yang dipenjarakan adalah kaum santri beserta kiainya, maka suasana penjara menjadi marak dengan kegiatan keagamaan. Mereka mengadakan shalat jamaah pengajian dan membaca berzanji bersama.
Kiai Asnawi sendiri yang memimpin pengajian di penjara tersebut, dia mengajarkan pula beberapa kitab selain itu, menggunakan waktu luangnya untuk menerjemahkan kitab Jurumiyah.
Oleh karena itu, kepala penjara memperlakukan Kiai Asnawi dengan sangat hormat
Kiai Asnawi juga dikenal sebagai kiai yang memiliki beberapa karya tulis yang sampai sekarang masih tersebar di masyarakat, diantaranya buku Fassholatan yang merupakan tuntunan tata cara salat dan menjadi rujukan para santri di tingkat elementer.
Diantara karomahnya dikisahkan bahwa suatu saat Haji Fadoli yaitu seorang pedagang dari Semarang merasa bahwa kampungnya sudah tidak aman.
Sebab pada masa sulit 1940 an itu orang berpunya selalu menjadi incaran perampok, dia bergegas naik kereta api dengan tujuan Surabaya.