Namun sosok yang penuh dengan misteri dan kontroversi dengan ajaran Manunggaling Kawula Gusti ini, banyak memiliki santri.
Mereka yang menjadi murid Syekh Siti Jenar, banyak belajar tentang ajaran Islam sejati.
Baca Juga: Bukan Kisah Sunan Gunung Jati, Tapi Kisah Bocah yang Mengharukan karena Ingin Jumpa Rasulullah SAW
Naskah Nagara Kretabhumi Sargha III pupuh 77-78, mengisahkan bahwa setelah kembali dari menuntut ilmu di Baghdad, Syaikh Siti Jenar pergi ke Malaka.
Syekh Siti Jenar kemudian mengajarkan ilmu agama sampai dikenal dengan gelar Syaikh Datuk Abdul Jalil.
Selain dikenal Syekh Datuk Abdul Jalil, Syekh Siti Jenar juga dikenal dengan nama Syaikh Datuk Jabal Rantas.
Syekh Siti Jenar akhirnya menikah dengan seorang perempuan Gujarat dan memiliki putra bernama Ki Datuk Pardun dan Ki Datuk Bardud.
Baca Juga: Fakta Baru, Komnas HAM Sebut Penembakan Brigadir J dari Arah Berlainan
Syekh Siti Jenar tidak lama tinggal di Malaka. Ia lalu pergi ke tanah Jawa menuju Giri Amparan Jati di Cirebon.
Syekh Siti Jenar ikut tinggal di Amparan Jati bersama Syaikh Datuk Kahfi yang konon merupakan saudara sepupunya.