Pondok Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon juga memiliki sejarah yang sangat panjang dalam perkembangannya.
Pondok Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon awalnya hanya satu yakni Pondok Gede Raudlatul Tholibin,
Pondok Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon didirikan sekitar tahun 1127 H / 1705 M. oleh Kyai Jatira.
Baca Juga: Kabar Baik dan Buruk bagi Persib Bandung, Ciro Alves Masuk, sementara Ardi Idrus Keluar
Kyai Jatira adalah gelar dari KH. Hasanuddin yang merupakan putra dari KH. Abdul Latief dari Desa Mijahan Plumbon Cirebon.
KH. Hasanuddin atau Kyai Jatira adalah seorang pejuang agama yang sangat dekat dengan masyarakat miskin.
Babakan merupakan satu desa yang kering, dengan lahan pertanian yang kurang subur.
Hal ini menjadikan Kyai Jatira berpacu untuk mengembangkan pondok pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon.
Desa Babakan saat itu sebagai tempat peristirahatan yang jauh dari keramaian terutama dari pengaruh kekuasaan dan penjajah Belanda pada saat itu.