Kemudian Nyai Nafisah dinyatakan hamil saat dalam perjalanan menuju Mekah menggunakan kapal dengan waktu tempuh berbulan-bulan,
Beberapa hari setelah melahirkan putra pertamanya di tanah suci Mekah yang diberi nama Abdullah, Nyai Nafisah kemudian meninggalkan dunia.
Belum kering kesedihan KH Hasyim Asy'ari ditinggal sang istri, Abdullah, putra pertamanya kembali dipanggil menghadap Allah SWT setelah 40 hari dilahirkan.
2. Nyai Khadijah
Setelah lama menduda, KH Hasyim Asy'ari kemudian menikah lagi dengan Nyai Khadijah, putri dari Kyai Romli.
Pernikahan antara KH Hasyim Asy'ari dan Nyai Khadijah juga tidak berlangsung lama. Sebab setelah dua tahun menikah, Nyai Khadijah meninggal dunia. Pernikahan keduanya juga tidak memiliki keturunan.
3. Nyai Nafiqoh
Nyai Nafiqoh adalah putri dari Kyai Ilyas, pengasuh pondok pesantren Sewulan, Madiun.
Pernikahan KH Hasyim Asy'ari dan Nyai Nafiqoh dikaruniai 10 orang anak yaitu Hanah, Khoiriyah, Aisyah, Azzah, Abdul Wahid, Abdul Hafidz, Abdul Karim, Ubaidillah, Masruroh, dan Muhammad Yusuf.