Sunan Kudus menghabisi Syekh Situ Jenar dengan menggunakan Keris Kantha Naga, senjata milik Syaikh Datuk Kahfi, Sunan Kudus menghabisi Syekh Siti Jenar.
Eksekusi Syekh Siti Jenar terjadi di dalam Masjid Sang Cipta Rasa, pada tahun 1505 Masehi, dan dimakamkan di mandala Anggaraksa, masih di Cirebon.
Baca Juga: Sunan Gunung Jati Menjadi Hakim Ketua Saat Mengadili Syekh Siti Jenar yang Dijatuhi Hukuman Mati
Terdapat perbedaan pada sumber sejarah, Historiografi Cirebon, pada naskah ini menunjuk bahwa Syaikh Siti Jenar diadili dan dihukum mati di Masjid Sang Cipta Rasa di Keraton Kasepuhan.
Setelah dikubur di area pemakaman Anggaraksa, kuburnya dibongkar dan diganti anjing, tetapi mayatnya berubah menjadi sekuntum melati, sehingga area makam itu disebut Pamlaten.
Dan perbedaan tentang kematian Syekh Siti Jenar kembali berbeda dengan apa yang dituliskan pada Historiografi Jawa Tengah.
Dalam Historiografi menuturkan Syaikh Syekh Siti Jenar diadili di Masjid Demak dan dieksekusi di masjid tersebut.
Dalam naskah ini pula menyebutkan sesuatu hal yang mengagetkan, bahwa Mayat Syekh Siti Jenar dikisahkan diganti dengan bangkai anjing,
Di tengah kontroversi itu, sumber dari Keraton Kanoman Cirebon menyebutkan bahwa para pengikut Syaikh Siti Jenar asal Pengging, yang dikejar-kejar Sultan Demak diamankan Sunan Gunung Jati.
Sengaja dilindungi oleh Sunan Gunung Jati dengan disembunyikan di sebuah perkampungan yang disebut Kasunean atau berarti "persembunyian", yaitu sebuah daerah yang berada di kota Cirebon.