Ada juga kekhawatiran bahwa sistem perangkat lunak pesawat rentan terhadap serangan siber dan tidak dapat diuji secara independen oleh Inggris.
Broadband yang lemah pada kapal induk utama HMS Queen Elizabeth juga menghambat kemampuan jet tersebut. Meskipun biaya F-35 menjadi fokus perhatian, ada juga laporan memalukan tentang kekurangan operasional yang muncul dari Amerika Serikat.
Dalam pertempuran udara tiruan pada tahun 2015, pesawat canggih itu dikalahkan generasi tua F-16, sebuah pesawat yang dirancang tahun 1970-an.
Pada tahun 2020 tes Pentagon menemukan 276 kesalahan berbeda dalam sistem tempur jet. Mereka termasuk meriam 25mm yang bergetar berlebihan dan masalah dengan helm “virtual reality” pesawat.
Korps Marinir, yang juga mengoperasikan model F-35B yang sama dengan yang dibeli Inggris, terpaksa mengandangkan pesawatnya setelah ditemukan cacat pada sistem komputer. *