Pada masa-masa akhir kepemimpinannya sebagai raja, saat itu di Majapahit sedang dilanda perang saudara.
Perang ini dikenal dengan nama Perang Paregreg, saling berebut kekuasaan diantara keturunan Prabu Hayam Wuruk menjadi penyebab dari perang saudara ini.
Perang Paregreg terjadi cukup lama yaitu sekitar tiga tahun lamanya mulai tahun 1453 sampai 1456 M.
Akibat Perang Paregreg tersebut Kerajaan Majapahit tidak mempunyai raja yang diakui secara mutlak oleh rakyatnya.
Di saat Majapahit dilanda kerusuhan Prabu Niskala Wastu Kencana sedang menikmati ketenangan dan kedamaian.
Prabu Wastu Kencana yang memerintah kerajaan Sunda Galuh yang pada awalnya dalam satu kekuasaan.
Kerajaan Sunda Galuh yang awalnya hanya satu kerajaan kemudian dipecah menjadi dua kerajaan.
Sebelum turun Tahta Prabu Niskala Wastu Kencana membagi wilayah kekuasaan kepada kedua putranya dari permaisuri yang berbeda.
Kerajaan Sunda diberikan kepada Prabu Susuk Tunggal, Sedangkan Kerajaan Galuh diberikan kepada Prabu Dewa Niskala.