Saat itu 17 September 1948 selepas menunaikan ibadah sholat Jumat, Zakariya melihat kyainya didatangi 2 orang tamu dengan membawa mobil.
Belakangan diketahui bahwa yang menjemput Kyai Imam Mursyid adalah 2 orang PKI, yakni camat Takeran kala itu dan pimpinan bernama Suhud.
Baca Juga: Link Ujian Cuek Docs Google Form, Cari Tahu Seberapa Pedulinya Kamu! Buruan Coba dan Mainkan
Diketahui dalam buku yang sama, Kyai Imam Mursyid Muttaqin diancam dua orang tersebut akan membakar pesantren dan seluruh isinya apabila tidak mau ikut mereka.
Para santri dan keluarga mengetahui bahwa kyainya hanya pergi sebentar memenuhi undangan di kabupaten. Namun ternyata hingga esok hari, sang kyai belum kunjung menampakkan sosoknya.
Diketahui beberapa hari setelahnya, bahwa Kyai Imam Mursyid, ustadz, dan beberapa santri dibawa PKI ke sebuah pabrik gula Rejosari Gorang Gareng.
Baca Juga: PERSIB BANDUNG vs Barito Putera Berakhir 5-2, Luis Milla Makin Berjaya
Menurut informasi yang beredar, mereka semua diberondong senapan oleh PKI hingga tewas di dalam pabrik gula.
Sebagian kyai dan santri juga dibawa oleh PKI memakai kereta pengangkut tebu ke sebuah sumur tua di Desa Soco, Kecamatan Bogem, Kabupaten Magetan.
Rupanya semua yang dimasukan ke gerbong kereta dilemparkan PKI ke sebuah sumur. Belakangan diketahui dan dipindahkan jasadnya pada tahun 1950.