Mendapat perintah demikian, Mayjend. Soeharto pun bergerak dengan cepat. PKI dianggap sebagai motor penggerak kudeta, para tokohnya diburu dan ditangkap, termasuk DN Aidit yang sempat melarikan diri ke Jawa Tengah akan tetapi berhasil ditangkap juga.
Anggota organisasi yang dianggap simpatisan atau terkait dengan PKI juga ditangkap. Organisasi-organisasi tersebut antara lain Lekra, CGMI, Pemuda Rakyat, Barisan Tani Indonesia, Gerakan Wanita Indonesia dan lain-lain.
Berbagai kelompok masyarakat juga menghancurkan markas PKI yang ada di berbagai daerah. Mereka juga menyerang lembaga, toko, kantor dan universitas yang dituding terkait PKI.
Pada akhir 1965, diperkirakan sekitar 500.000 hingga satu juta anggota dan pendukung PKI diduga menjadi korban pembunuhan. Sedangkan ratusan ribu lainnya diasingkan di kamp konsentrasi. ***