Selain gemar berziarah Gus Dur juga menyimpan banyak sekali misteri dalam hidupnya, yang baru terungkap setelah dirinya wafat.
Bermunculan cerita tentang Gus Dur yang banyak dikisahkan oleh sahabat-sahabat terdekatnya bahkan oleh para santrinya.
Salah satu misteri yang ada pada diri Gus Dur yang baru terungkap adalah tentang hubungannya dengan Mbah Maimoen Zubeir yang disangka orang salih perselisih paham.
Diketahui Gus Dur pernah terlihat kontras atau berselisih dengan Mbah Maimun Zubair.