Akan tetapi, Mbah Moen pernah dawuh bahwa beliau sangat susah, karena terlihat sangat Alim setelah pertemuan itu.
Hal itu dikarenakan kealiman, dengan model seperti itu tidak bisa diwariskan kepada murid-murid. Walaupun beliau tetap giat dalam belajar dan mengaji.
Walaupun dengan kesibukan berdakwah, menghidupi keluarga, berbagai urusan masyarakat dan negara. Mbah Moen sangat sungguh-sungguh dalam mengajar, mendidik dan mengaji dengan para santri.
Mbah Moen muda mendirikan mushola di depan Ndalem sebagai sarana mengaji dan berjama'ah masyarakat sekitar.
Dan mushola itu juga kemudian menjadi pondok pesantren. Mbah Moen muda juga mendirikan Muhdloroh sebagai madrasah dalam pondok.
Mbah moen pun membangun sekolah formal, sekolah yang berbasis umum atau kurikulum, seperti MTS, MA, SMK, maupun STAI.
Di samping itu juga membangun madrasah dalam pondok pesantren, yang di dalamnya terdapat pembelajaran kitab-kitab, sebelum dan sesudah selesai pembelajaran di sekolah.
Demikianlah sedikit kisah tentang Mbah Moen saat masih muda yang mendapatkan doa dari Nabi Khidir AS.